《侍魂》剧情规划
第一章 獠牙初现（地图：青木之森 1~15级）
从午睡中被吵醒，娜可露露向你道歉，并介绍刚来到神木町的莉姆露露，三人一起回到神木町。人称“包打听”的元气少女梨纱拦住了你们，提到定期商队即将到来，宿屋的女老板正等着你去帮忙。
赶到宿屋，帮助美咲劈柴、分西瓜（进行技能引导）。小混混骰子鬼想赖掉酒钱，替宿屋老板教训他（首战）。
突然闯入的村民带来了坏消息，定期商队在森林外受到袭击，对方是一群神秘的黑衣众，娜可露露决定赶去帮忙，走之前叮嘱莉姆露露呆在镇里不要出去。
担心姐姐的莉姆露露很快追了出去，跟上她（进入梦境副本）。消灭两拨黑衣众，前方是正在逼问商人秘密的万三九六，娜可露露埋伏在一边正要偷袭，突然闯入的莉姆露露惊扰了万三九六，发生战斗。
战斗结束后万三九六逃跑，娜可露露严厉地训斥了莉姆露露，后者受了委屈赌气跑走了。娜可露露有些后悔，但还是请求你先去查看刚才趁乱跑掉的商人现状。
前往神木町-宿屋。被抢的商人吉泽金助正在发愁，黑衣众抢走了他替真红组押送的千两箱，即使是像他这样的豪商，也不敢得罪当下声势夺人的第一武士组织。去郊外消灭5个黑衣众，拿回千两箱（野外打怪）。
向娜可露露汇报事情进展，发现后者一直在发呆，道破她一直担心莉姆露露的事实。向娜可露露承诺会带莉姆露露回来，帮助姐妹和好。
没有莉姆露露的消息，向包打听梨纱问询，得知莉姆露露和一个可疑的大汉同行，去找“挂酒壶的大汉”。找到霸王丸，他拉玩家帮忙敲一面巨大的太鼓（小游戏），没想到敲完后四周出现了不少道场弟子，被卷入霸王丸的踢馆。
踢馆结束，道场的教头“黑子”出现了，他并没有偏袒的意思，反而训斥了以多欺少的道场弟子，随后指导你的战斗技巧（技能升级引导）。
跟随霸王丸去找莉姆露露，在森林中遇到两个争吵的黑衣众，他们弄丢了上司万三九六的手书，无法参加集会。在黑衣众离开后，找到万三九六的手书，变装成黑衣众参加集会。
集会上，万三提到“烦人的丫头已经被抓住了”，让人很担心这是莉姆露露，主角和霸王丸兵分两路，霸王丸跟踪，主角设法找到莉姆露露。霸王丸离开后，察觉到有人偷听的主角拔刀备战，从树林后走出的竟然是莉姆露露。
莉姆自称是偷跑出来的，请求你帮忙拿回自己被抢走的东西。消灭几个可疑的护卫，拿到“神秘的匣子”，交给莉姆露露，后者请你陪她去办最后一件事。
路过吊桥后，落在后面的莉姆露露竟然斩断了你的退路，同时在烟雾中变身为一个红衣剑客，这是一个陷阱，但只能继续前进（进入副本）。扫荡青木之森的鬼王“青木武士”老巢后，在尽头处找到了昏迷的莉姆露露，正在发愁如何离开，鹰啸从上方传来，玛玛哈哈带着娜可露露从天而降，原来发现不对的霸王丸联络了娜可露露赶来救人。
接受霸王丸指导，帮娜可露露采药治疗莉姆露露。经此一役，娜可露露和莉姆露露和好，莉姆露露说出了侦查到的万三九六老巢，和霸王丸打上门去。
与万三九六决战，关键时刻红衣剑客再次出现，他竟然能使用霸王丸的绝技“弧月斩”，我方震惊之下被二人逃走，红衣剑客临走前警示你即将大祸临头。
回到神木町，一群真红组的武士出现，围住了你和霸王丸。此时方知，假扮莉姆露露的红衣剑客让你夺取的匣子中装着真红组藏起来的魂珠，万三九六袭击定期商队正是为了魂珠，现在你被认定为与黑衣众有关的危险人物，但是魂珠已经被红衣剑客带走，百口莫辩。
形式一触即发，霸王丸突然拔剑扔在地上，要代替你去真红组，以此为担保宽限你三天时间查清事情真相。
1. 零川怪谈（地图：零川 16~30级）
追寻魂珠的线索主角来到了零川，这里的人受日益增多的魔物困扰，村长将一切归因于狐仙偷走了镇湖之宝。主角在行动中与不知火幻庵交手，深感此事背后有水姬的影子。调查后发现镇湖之宝与魂珠碎片有联系，村长与怪物勾结，狐仙是为了保护村人悄悄藏起了镇湖之宝。击败boss，解救村民。
Boss：不知火幻庵。
2. 樱花缭乱（鸣狐乡：31~45级）
鸣狐乡传来小狐仙求救的消息，主角一行人赶到花街，路遇牙神幻十郎。为了一颗从江之岛送来的珍贵宝石（魂珠碎片），花街即将开始花魁之争——受真红组武士们支持的夕雾太夫，对战被苍月流忍者们支持的歌舞伎阿国（千两狂死郎伙伴）。本是普通的比赛，一股神秘势力却从中挑拨两派争斗。消灭觊觎魂珠碎片而从中作梗的水姬手下——大天狗，恢复花街和两派的和平。
Boss：天狗。
*阿国：先作中被罗将神水姬占据身体的美州姬，水姬消失后随狂死郎成为歌舞伎
3. 地狱神社（新鬼野：46~60级）
顺着狂四郎给出的线索调查，一路寻碎片至新鬼野。这里村民不欢迎外人，催促主角离开。主角撞见村长和游商的头领争执。稍后向游商首领打听，首领说当地人有长生不老的秘密却不肯告诉他，本地的神社也有些古怪。赶到神社，巫女告诉大家寻找的碎片在神社底层，神社的下层充斥着各种怪物，杀出一条血路，众人在后山发现了村中所有人的坟墓，村民其实早就死了。
回村子向村长求证，村长承认村人并非长生不老，而是化为鬼魂难以安息。多年前全村因瘟疫而死，幸存的巫女祈祷：愿付出任何代价让村人归来。回应她召唤的水姬占据了巫女的身体，“实现”了她的愿望——村人化为地缚灵无法离去。决战水姬，解放村民。
Boss：罗将神水姬+雪女
4. 无双战姬（江之岛：61~75级）
小混混万三六丸偷走了主角的魂珠碎片。众人追着他来到江之岛，却发现万三六丸被当地大名关在笼子里打算三日后枭首示众。万三六丸求主角救命，答应事成后绝对将偷走的东西双手奉上，提醒主角此地还有另一枚碎片。了解到万三六丸是被当成诱拐公主的淫贼（私奔对象），主角从大名的女儿笃姬处开始调查，发现到本城受到八岐大蛇的威胁，领主打算将女儿笃姬嫁给其他领主以求庇护，但既不想嫁人也不愿城池受威胁的笃姬一直偷偷向一位剑客学习剑术，打算亲手杀掉大蛇，却被领主当成与人私会，万三六丸也是瞎抓的。
主角想找到剑客解释误会，没想到这个神秘的剑客居然是壬无月斩红郎，他帮助笃姬是因为想到了女儿诗织。相见后少不了一番恶斗，最后被笃姬阻止。
杀掉八岐大蛇拯救城镇和无辜的少女。
Boss：八岐大蛇
5. 火宵之月（出云谷：76~90级）
Boss：天草四郎时贞
6. 侍の魂（奈落：91~100）
Boss：黑暗神安布罗夏