《刀使的巫女》的故事讲述的是自古以来威胁人世的荒魂进一步肆虐，荒魂的正体可与熔渣结合，变化成模拟生物的形态。熔渣的总量会因质量的不同而产生不同程度的灾难，刀使的御刀可以斩杀荒魂。
以制服佩刀为主要装束的刀使肩负着守护人类的使命，这些来自全国五校遴选出来的刀使们齐聚一堂，在常例大赛中切磋各自的技术，并以此为契机展开进一步的修炼，前方等待他们的是强大而残忍的荒魂…