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山村中的女孩珊朵拉，在某天上山采药时得到了一颗具有无限魔力的生命宝石。但是当她回到村子却发现，全村村民都被残忍杀害。为了拯救自己的爷爷以及村民，珊朵拉与时间女神签订契约，回到惨案发生之前，希望能改变一切……
《风之幻想曲2》是一款半开放式冒险解谜RPG，以调查解谜为主，新增了独特的策略战斗系统以及养成系统。
与前作《风之幻想曲》不同，本作的剧情将会是非线性展开。在不同的剧情点，玩家将可以选择控制不同的角色进行游戏，推进故事发展，并最终见证以女孩珊朵拉为主角的故事的最后结局。
珊朵拉
来自朝见村的少女，目睹全村人被害后，与时间女神签订契约成为马尔库斯大陆的守护者。在同伴的帮助下，虽然复仇成功并拯救了阴谋之下的马尔库斯，但是却失去了更多东西。于是她开始质疑当初的决定是否正确……
特殊能力：？？？
蜜妮安
格乌拉教堂的年轻修女，相依为命的姐姐去世后，被墨菲斯托神父点化，在其门下修习光魔法。在《风之幻想曲》中，蜜妮安以治疗师的身份加入了珊朵拉小队。虽然没有说出口，但似乎对刺客奎拉抱有特殊的感情。
特殊能力：治愈。可以使用光之魔法治愈伤口。
奥库
原骑士团成员，现骑士团团长利维坦的老师，珊朵拉爷爷的旧识，左眼受伤后退役做起了铁匠生意，为骑士团打造了众多传奇武器。拥有“独眼”称号。在《风之幻想曲》中，奥库为了保护珊朵拉等人，只身与叛军战斗，之后下落不明。
特殊能力：蛮力。可以推动重物，击碎岩石。
布鲁克
“乐园”马戏团的一员，战乱中幸存的孤儿，痛恨战争。加入马戏团是想为更多人带来快乐，但是总是因为不自信而搞砸很多事情。蓝色生命宝石的持有者，在《风之幻想曲》中被珊朵拉等人保护，受他们的影响逐渐找到了自己的价值。在王城动乱中，帮助珊朵拉等人逃脱，自己却被困在了混沌领域，生死未卜……
特殊能力：破坏。可以破坏魔法阵，反制魔法。
西维亚
居住在古树之森深处的风之精灵，与其他风之精灵不同，拥有一对紫色的翅膀。喜欢与人类玩耍，却因为特殊的原因不能离开古树之森。据说出生于上千年前的遗忘时期，但是却失去了当时的记忆。
特殊能力：沟通。可以听懂任何生物的语言并与之交谈。
墨菲斯托
前马尔库斯骑士团治疗小队队长，擅长光魔法的治愈术，是骑士团中最强大的治愈师。目睹了瓦纳兹的屠杀事件，精神受到了打击，之后不久便从骑士团隐退，成为了格乌拉教堂的神父。墨菲斯托是最忠诚的女神教拥护者，反对一切暴力行为，并且在十多年间，使用自己的方法，试图改变马尔库斯的现状。
特殊能力：庇护。可以使用光魔法制造免疫负面效果的屏障。
姗蒂
黑鸦商会会长的千金，精通外大陆炼金术，对药剂学很有研究，似乎对骑士团团长利维坦抱有爱慕之情。在《风之幻想曲》中，姗蒂用自己的炼金术知识帮助珊朵拉一行人拯救了马尔库斯大陆，黑鸦商会也因此得到了国王桑普森四世的支持，垄断了马尔库斯大陆的商品市场。
特殊能力：调和。可以使用炼金釜展现强大的炼金术。
利维坦
现任马尔库斯骑士团团长，师从“独眼”奥库和“银鹰”阿诺德，剑术高超，传说只用一招就可以杀死一条龙。在《风之幻想曲》中被珊朵拉一行人说服，收集证据揭露了公爵的罪行。因为保护了桑普森四世，斩杀了叛变的阿诺德，而被国王特别嘉奖，被正式晋升为公爵。
特殊能力：斩龙。可以使用高超的剑技斩杀巨龙。
尤娜
在遗忘时期有若干失落的种族，尤娜所属的海族就是其中之一。千年以前，海族掌管着整片海洋，是所有种族中掌控范围最广的。但是神罚降临，只有小部分海族幸免于难，为了生存而盘踞于深海之中，陷入了长久的沉睡。
特殊能力：潮汐。可以控制潮汐之力在水下自由行动。
奎拉
暗杀组织“鹰”的一员，擅长开锁和暗杀，是组织数一数二的执行者。冷酷无情，是杀手中的杀手。虽然鹰暗杀组织拿钱办事不分黑白，但是奎拉本身有自己的原则，不作恶，只杀作恶之人。
特殊能力：开锁。可以使用工具打开绝大多数门锁。
莎莉
马尔库斯王国的公主，国王桑普森四世与王后科妮莉亚最宠爱的女儿，从小就展现出过人的智慧和领导能力。在《风之幻想曲》王城动乱之后，对骑士团长利维坦进行了告白，并开始参与了一些王庭的决策。
特殊能力：？？？