从“Naked Snake”成为“Big Boss”。
在Operation Snake Eater的十年后，从哥斯达黎加来的的访客，来到在哥伦比亚指挥私设军队的Snake面前。接受他们的委托后，Snake率领同伴，投身于东西冷战背后翻涌的阴谋之中。