《基因防线》是一款竖屏单人策略防守游戏，共12关。病毒会从人体不同部位推进，免疫细胞会自动迎战。玩家需要在每局战斗中经营O₂：升级基础产线、锻炼提高生产、研究已经通关解锁的疫苗，并在关键时机使用喷嚏、吃药和温控。第一层解锁发生在通关后，第二层研究发生在局内，两者不是同一件事。三路防线、波次、首领和特殊关卡规则会逐步增加压力；守住基地、清完病毒后进入结算，再继续挑战下一关。