隼白因对武士统治的不满发动了忍界大战。在忍者与武士的大战进行到白热化阶段时，武士一方误信南蛮国，引进了大规模杀伤的恐怖武器。谁知武器在引爆后会释放大范围有害辐射，结果造成忍者与武士的大规模伤亡。

在这个时候南蛮国乘虚而入，进攻和之国。忍者与武士本就伤亡惨重，又在南蛮国的科技力量下节节败退。

在长久的失败中忍者与武士双方都意识到了单打独斗是不行的，之后双方在忍神山再度联手，一致对外，对抗南蛮国的入侵。

经历长达数年的艰苦奋斗后，南蛮国战败，宣布投降。

在此战过后忍者与武士之间再度恢复和平，共同重建和之国。

同时，忍者与武士也认识到了科技的力量，大力发展科技，并改用公元纪年。

…………

在2300年后，忍界的科技已经发展到了极高的水平。

三年后，公元2309年，和之国上空出现了漆黑神秘的次元门。

不祥的黑雨降临在忍界的大地上，凶残的次元生物从次元门中无止尽一般地涌出。短短一年内，大气层上空数以千计、大大小小的次元门缓缓打开，次元生物开始了对地球的入侵。

曾经保卫忍界的英雄，所创建的疾风学院内的学员们，亦如当初先辈们的英勇，投入了对次元生物的作战中。但事实是全部不堪一击，全部阵亡。

在忍界又一次陷入危难之时，一个落后的小村庄中飞出了五道耀眼的光芒。