相比第一部，深海迷航二在整体的氛围和可玩性上都有很大的进步，最明显的就是水变“混浊”了，在水下看远处的东西模糊了，这反而是最真实的点。之前是在深水区这种视野模糊才会明显，现在即使是浅水区你也能感受到海水不是透亮的，而是能产生丁达尔效应的胶体。在这种情况下，深海显得更加神秘、幽静。
再说说敌对生物，二代在浅水区加了不少敌对生物，不过基本上没什么威胁，唯一要小心的就是拆骨鲨和水华寄生虫，会追着你咬。深海中的敌对生物攻击性极强，一定要开着载具去深海收集资源（不然报废的就不是载具，而是你了）。目前攻击性利维坦级生物有两种，一个是深海之触（大鱿鱼），一个是鲨群利维坦（看着没啥威胁，只有人在边界墙外面才会出现），两个利维坦靠近都会有音乐（那个大鱿鱼还会放声波），需要注意的是深渊之触有两段攻击，第一段攻击是抓取攻击，攻击完会放开，趁这个机会逃走就能避免后续攻击（如果没逃掉会追着你用触手拍）。值得一提的是，深海之触的索敌范围很大，即使你在海面上都有可能被看到。
接下来说说载具，蝌蚪号除了能载多人以外，个人感觉是不如海蛾号的，既没有鱼雷仓，也不能放电子屏障（话说这个功能居然转移到主角身上了），还很脆（也有可能是利维坦被加强了？）