「仙剑奇侠传三」故事发生在「仙剑」第一代的五十年前，那时侯，李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭；巫后还是襁褓中的婴儿，而剑圣，则还没有拜入蜀山修仙。
事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始的，但是，更深层的因果却要追溯到千年前的神界。「神将军飞蓬」与「魔尊重楼」因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意。「重楼」提出要和「飞蓬」在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下。两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿「飞蓬」问罪，「飞蓬」因感知到追兵将至而分心，佩剑...