在遥远的星际时代，人类已掌握星际航行与行星改造。在编号GARDEN-00的行星维里迪亚上，正进行着生态系统工程的建造。机械少女安妮，将前往那里执行调度与统筹工作。然而，一场测试事故使她的统筹阵列失效，不得不中止任务，准备返厂维修。就在航线变更的那一刻，消失之日发生了。来自人类管理者的一切通信与指令的都消失了。没有新的命令，没有任何回应。返厂航行无法继续，安妮只能重新前往GARDEN-00，执行上一项使命。统筹阵列失效的她，需要利用周围的一切物体，将面临未知的考验。