游戏中的故事设定在一个已被智械毁灭的末世，存活下来的人类将自己的意识上传至数据网络“Gaea.Zero”中，渴求能在虚拟世界中苟活，但最终还是不能避免“视骸”的入侵，为了不坐以待毙，自检程序冠以神名，进化出名为“修正者”的实体。玩家将作为修正者组织“深空之眼”的管理员，和他们一同深入视骸肆虐之地，朝毁灭的命运，竖起抗争的战旗。