蔚蓝档案的剧情主要围绕着学生委员会为了拯救面临破产的学校展开的故事。在第一章中，学校面临巨额债务，凯撒集团想要收买学校土地。玩家通过完成任务来拯救学校，并与重要角色白子相遇。在第一章的下部分，主角星夜为了解救被凯撒集团绑架的学生星野，与其他角色一起进行战斗。最终，他们成功营救了星野并击败了凯撒集团。
第二章的剧情主要围绕着游戏开发部为了不被废部而努力。他们决定在社团大赛上获奖或找到游戏制作圣经来保留社团。在探索郊区废墟时，他们意外发现了沉睡的仿生人AL-1S，取名为爱丽丝，并将其伪装成千年学员的学生。他们希望通过让爱丽丝参加社团活动来防止废部。最终，他们成功帮助爱丽丝伪装成学生，并保留了社团。
第三章的剧情主要围绕着补习部的成员为了在特别学历考试中全员及格而努力。他们经历了模拟考试和学习，逐渐提高了成绩并建立了深厚的友谊。然而，渚为了让他们退学，增加了考试难度和及格线。尽管面临困难，他们在老师和其他社团成员的帮助下，最终成功通过了第一次考试。然而，第二次考试因试卷遗失而失败。
以上是蔚蓝档案剧情的概述，每个章节都有不同的故事情节和发展。玩家通过完成任务和战斗来推动剧情的发展，同时也会遇到各种挑战和困难。整个剧情充满了紧张刺激和波澜起伏的情节，让玩家能够体验到丰富多样的游戏内容。
