关于剿灭作战背景的问题

本人主线打到3-5，从剧情上看整合运动并不是什么恐怖组织，他们的初心是复仇，为感染者带来一个光明的未来，只是领导者比较邪恶，有时这个组织会做出一些不好的事。

所以我认为对整合运动的态度应该是像对待一个正常的组织一样，有冲突的时候解决冲突，互不干扰就相安无事，没有必要将其消灭干净。

从主线上看目前符合这些原则，但是剿灭作战的背景是：我方在一些地区与整合运动发生了大规模交战，如果获胜则可以大幅消减敌方实力。

我想问一下这些大规模交战是为什么发生的？如果没有具体原因的话看起来就像是两个注定敌对的势力在不停的开战，最终目的是将一方消灭。